学校本部是什么意思？
举个例子吧，我母校是某省重点高中，俗称“省中”的，有东西两个校区；还有几个别称，比如“二仙庙”（因为学校里有个庙）、“太尉府”（据说是因为朱元璋打过败仗逃到这里，将这里的一棵大树砍了做木筏渡黄河）等等。后来为了扩大办学规模，在离本校10公里以外的地方又建了个分校（新校区）。
那么我校本部就是指的老校址，而分校就是新建的校区。
现在分校发展得也很快，这几年成绩也不错，市里的同学去那里上的人蛮多的(虽然分数高些)，所以为了区分，我们习惯性地把分校叫“新校”或者“分校”。 而老校呢？因地处市区，所以叫“本部分校”也可以。 至于你说的“本部”是指哪所学校，那要看你所说的“部”字是指什么了…… 如果是教育部门，则很简单，一般指的正是教育部（教育部官网上的高校名录里面，绝大部分大学名称前面都标注了“教育部直属”字样）。如果指的不是教育部门，而是指某一领域内的部门或机构，那就只有这个部门或机构自己知道了！
补充：看到有人将本科院校的“院”与专科院校里的“系”作比较……其实这个是没有必要的。 就我的体会来说，不同学校的院系名称确实是有差别的（尽管都是理工科专业，但很多学校对“计算机学院”和“信息工程学院”的称谓是不太一样的），但这仅仅是为了方便本校师生进行内部沟通而已，外部的人根本不用在意这些称呼。
就拿我自己来说，我是学物理光电子专业的，本科的时候是在一所军事院校读的，当时学校里只有“系”而没有“院”，因此我们的专业叫做“光学工程系”，研究生到了另一所军事院校，该校有“院”而无“系”，因而我们的专业叫做“光电学院”。 除了这两个院校之外，我还去过很多其他类型的院校（包括综合、理工类、医药类、师范类、农业类等院校），发现它们的建制都是不一样的，有些甚至连院舍都没有，因此说实在的，我觉得这种以学院还是系来给大学分类的做法是没有什么意义的！